我的 omicron-wave 案例研究的每日 PCR Ct，同时跟踪日常食品化合物的干预
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免责声明：这是对先前正在研究的草药成分的机会性测试。这篇文章不是鼓励你自己尝试类似的东西，它只是草药抗病毒药物临床试验社区的数据来源。
圣诞节周末去肯尼亚海岸旅行后，我开始出现感冒/流感样症状：喉咙痛并开始咳嗽。返回内罗毕后，我在普通检测室接受了检测，结果证明是 CoV+。因此，我重新与我们合作的专业 PCR 供应商进行了合作，以进行今年早些时候我们正在加速进行的前瞻性临床试验。要比较的病毒载量基线示例来自 Kissler 等人 (2021)。
它描述了 Alpha 变体。 （我还没有看到关于 Delta/Omicron 变体的病毒载量数据，这可能是这里更相关的比较）。在测试抗病毒候选药物时，目标是查看 Ct 值是否可以比野外的普通患者增加得更快。我每天都接受 PCR 鼻拭子。结果如下：
请记住，代表循环阈值的 Ct 大致是样本中病毒 RNA 浓度的反对数。一般来说，到 1 月 1 日，RdRp 保持稳定（在我看来，令人沮丧）。
前 2 天的样本没有缓冲，这意味着可检测到的病毒 RNA 的数量在从收集样本的家到进行 PCR 的实验室之间的运输过程中会显着降解。此外，第一个样本是主流供应商，第二个样本是用于其余研究的专业基因组学供应商。他们被称为非洲基因组学中心和咨询公司（TAGCC）。 （我们运行了几个基线以确定未缓冲的第一个供应商的灵敏度可能比使用 TAGCC 的缓冲结果低 5 Ct。此外，未缓冲的样本可能比使用 TAGCC 的缓冲样本的灵敏度低 3 Ct）。
同时，我还服用了研究化合物的不同制剂：
当然，像这样看起来稀疏的条形图并不能充分反映活性药物成分 (API) 的血清组织浓度的细微差别，我们在 2021 年底提交的一份手稿中详细讨论了这个主题。作为以前帖子的提醒，我们研究的 API 是类黄酮橙皮苷和地奥司明。芒果籽仁 (MSK) 是橙皮苷的首选植物来源（参见“表 2”）。
我会尽量保持简单，因为有很多细微差别，尤其是在草药制剂中。在此图表中，芒果仁制剂（基于热水压力煎剂）呈棕色并在左轴上测量。药物制剂 Daflon 为蓝色，主要由橙皮苷组成的营养补充剂为黄色，如右轴所示。尽管左右轴彼此独立，但我试图通过按估计（但未经验证！）芒果寻求内核中橙皮苷的量来缩放左轴来保持相对 API 数量的大致感觉。
无论如何，直到新年周末，我都在努力让病毒的 RdRp Ct 值改变。 （即使 N 基因发生了变化 — — 更多关于 N 的内容在附录中）：
然而，当我从 TAGCC 得到周末的结果时，一个有趣的转变出现了：
该差异约为 3 Ct。就其本身而言，3-Ct 的增长没什么好写的。但鉴于之前和之后的价值观的稳定性，我回顾了我在过渡之前的干预：
PCR 与消耗的剂量重叠（为了简单起见，我对 N 基因和 RdRp 进行了平均）
正如你所看到的，到周五，我已经用完了芒果籽仁提取物（准备起来有点费力），并重新服用了大剂量的达氟隆和橙皮苷营养补充剂 — — 轻松 3,000–5,000 毫克去（在你警告任何事情之前，请记住我已经研究并练习了这些安全剂量的我的体重和恶心，重要的是，我没有同时服用处方药）。我也用完了达夫隆，但有很多营养补充剂可以备用。此外，正如您在 12 月 29 日和 12 月 30 日看到的那样，达夫隆是否对病毒载量有任何影响，这并不明显（至少没有可比较的对照）。因此，在下一个样本之前的 12 小时内，我很想看看我是否可以从营养补充剂中获得血清橙皮苷负荷，使其足够高，从而对病毒复制产生任何影响。我做了一次推注，并使用了半夜唤醒警报来服用额外的剂量以保持我的血清水平。 结果如下：
让我们看看新的干预日志：
改变还不错！ — N 基因和 RdRp 的 9-Ct 和 6-Ct 循环阈值分别增加😃。 值得记住的是，像这样的转变可能是由于采样错误，或者当样品直接被污染时，已知酚类化合物（如我们的研究化合物）会抑制 PCR。 我们过去对此进行了控制，但考虑到大剂量的作用，使用旨在耐受酚类化合物的试剂再次控制这一点当然值得。 让我们看看其余的运行：
如您所见，尽管我虔诚地维持橙皮苷剂量，但 Ct 值实际上比之前的峰值略有下降。这很有趣，我只能根据需要针对病毒复制动力学的复杂因素进行研究的叙述（沿着 Michaelis-Menten 酶动力学）进行推测。但它确实表明之前的高数据点可能并非完全侥幸。从那以后，我停止了干预，我们将看看这种情况如何继续。我会将更新发布到同一个帖子中。
22 年 1 月 6 日晚上 8:30 更新：
今天的样本和最近存入的样本的有趣结果都在其中。首先是一般更新：
随着鼻咽拭子的检查，这种感染显然正在消失。自 1 月 5 日早上以来，没有任何进一步的干预：
22 年 1 月 7 日更新：
我今天的最终样本确实确实完全无法检测到（即阴性）。没有什么可添加到图表中的，它们看起来就像 >40 Ct 条。
前进的道路
n=1 的案例研究当然不能作为任何人治疗的依据。但是，如果您正在设计用于抗病毒药物的类黄酮的 Ph-II 临床试验，我认为这里有一个强有力的案例，即橙皮苷应该被视为其中的重要组成部分，通过我帮助产生的混杂结合和去葡萄糖醛酸化的直接机制2021 年末的手稿。剂量是关键，我认为这里的数据也能说明这一点。
22 年 1 月 18 日更新
自从这篇文章发表以来，Kissler 等人的小组就推出了 Omicron Ct 配置文件。他们过去 3 项研究的研究小组是美国 NBA 篮球协会的运动员和相关个人。我开始将我的结果与他们的结果进行比较，然后才意识到在 Omicron 研究时，NBA 研究参与者（包括人脉广泛的运动员）可能已经获得了新批准的处方抗病毒药物 paxlovid 和 molnupiravir，因此不要充分的基线比较。然而，Kissler 小组确实从 Delta 和 Alpha 变体波中发布了类似的数据。我与这些进行了比较。
在这两种情况下，“哇-表情符号”转换都显示了这些百分位数与研究人群跨越 24.5–28.5 区间时的转换：
因此，这应该为这种转变相对于普通人群的独特性提供一些视角。
免责声明
正如文章开头所强调的那样，这篇文章并不是鼓励你自己尝试类似的东西，它只是草本抗病毒药物临床试验社区的数据来源，例如我们维持关系的世卫组织召集的非洲传统医学小组和。 CoV+ 读者应查看 NIH 治疗指南并咨询自己的初级保健提供者。
设备
这些测试是在 CertTest 的 SARS-CoV-2 的 Viasure 实时 PCR 检测试剂盒上行的。
数据可用性
绘制这些图表的基础数据和日志可以在 Google 表格中找到。我们的 PCR 供应商 TAGCC 维护着可以独立引用的记录。
致谢
- 特别向 TAGCC 致敬 — — 如果有人需要肯尼亚一流的 PCR 支持或国外的基因组学专业知识，我很乐意为这些专家提供参考 🙂。他们的旅行相关和诊断化验以 Nextgen Molecule Lab 为名。
- 我想感谢我们的收藏家，他们总是提供始终如一的深（更不用说痛苦！）棉签。
- 我想感谢斯特拉斯莫尔大学的 CREATES 实验室，该实验室早些时候对我们的候选疗法产生了上述 LC-MS 结果，结果证明这对决定尝试这两种疗法至关重要。
草药极客的附录：
这是所描述的剂量中的一些细微差别。
直到 12 月 30 日星期四结束的芒果籽仁提取物是液体形式的加压热水煎剂。较早的剂量已切割植物材料，较晚的剂量看到同一提取物中的植物材料被粉碎。 1 月 2 日和 1 月 3 日的制剂是提取物的固体淀粉，以试图提高生物利用度（通过减少与胃液的接触，并延长在肠道中的时间）
营养补充剂来自美国供应商。我没有透露它们主要是因为我已经将他们的产品用于 LC-MS 分析，并发现他们的活性成分看起来与标签上的流行相反。所以。我不希望其他人的努力被批次特定的复合错误所迷惑：
与作为黄金标准的 Daflon 进行比较：
最后，为了简单起见，我确实有一些没有在图表中显示的小干预：
- 12 月 31 日：2 杯青蒿茶，可合理影响结果。 1 月 5 日：1 杯青蒿茶
- 12 月 30 日：50 微克维生素 D3，我通常服用，但在这项研究中大部分时间停止服用。
病毒学极客的附录：
N 基因，即核衣壳，显然变化更大，我不知道该怎么做。供应商在这些主题上拥有比我更多的专业知识，他说每个基因的扩增结果都受基因特异性引物效率的影响，因此只能参考同一基因以前的结果来考虑。也就是说，欢迎对该主题发表评论。
